Pengadilan Negeri Magelang pada awal berdirinya berlokasi di jalan Alun – alun Selatan yang sekarang di tempati sebagai Kantor Kepolisian Resort Kota Magelang. Selanjutnya sejak tanggal 12 Agustus 1963 Pengadilan Negeri Magelang pindah Lokasi di Jalan Veteran No.1 Magelang sejak gedung tersebut di serahkan oleh Dinas Pekerjaan Umum Wilayah Kedu Sie Jalan / Gedung kepada Pengadilan Negeri Magelang, sampai sekarang.

Kemudian pada tanggal 15 Desember 1984 Pengadilan Negeri Magelang dipecah menjadi 2 Pengadilan yaitu : Pengadilan Kota Magelang, dan Pengadilan Negeri Mungkid Kab. Magelang, dan Pengadilan Negeri Mungkid mulai efektif beroperasi pada tanggal 1 Desember 1985. Gedung Pengdilan Negeri Magelang telah dilakukan rehab 2 kali, yaitu pertama pada tahun 1998 dan kedua pada tahun 2009 yaitu rehab seluruh ruang kerja lantai satu serta penambahan R.Sidang Anak / lantai II dan juga rehab Ruang Tahanan Laki-laki, Ruang Tahanan Wanita serta Ruang Tahanan Anak, Ruang Jaksa, Ruang Penasehat Hukum,Ruang Dharmayukti Karini, Dapur dan Gudang. Pada tahun 2006 telah dibangun 1 buah Mushola. Sejak berdirinya Pengadilan Negeri Magelang sampai dengan saat ini (tahun 2023) telah mengalami pergantian Ketua sebanyak 28 kali (sepanjang yang masih dapat diingat).